PayPal esegue la crittografia automatica delle informazioni riservate che vengono trasferite dal tuo computer ai loro sistemi mediante il protocollo Secure Sockets Layer (SSL) con una lunghezza della chiave di crittografia pari a 128 bit (la lunghezza massima disponibile in commercio). Prima che l'utente effettui l'accesso al sito, i server verificano che il browser in uso sia approvato, ossia che utilizzi il protocollo SSL 3.0 o superiore.
Durante la procedura di acquisto, dopo la prima schermata, in basso a destra comparirà il lucchetto il che significa che la tutte le informazioni saranno crittografate.